Doktor pakar dan penyelidik tidak pasti punca disleksia. Namun, punca disleksia dipercayai merupakan akibat daripada cara kerja otak yang berbeza daripada keadaan yang normal.  Beberapa bukti menunjukkan kepada kemungkinan bahawa keadaan ini diwarisi. Apabila ujian imbasan dijalankan ke atas penghidap disleksia, didapati mereka yang menghadapi disleksia bukannya mengalami kecederaan atau kerosakan di bahagian otak tetapi cara otak mereka beroperasi berbeza daripada orang yang bukan mengalami disleksia. Perbezaan ini mungkin disebabkan oleh kecacatan pada otak yang berlaku semasa dalam kandungan ataupun daripada kemalangan.

Faktor genetik atau keturunan

Kecacatan genetik dikaitkan dengan masalah membaca - satu pasukan di Sekolah Perubatan Yale mendapati bahawa kecacatan dalam gen, yang dikenali sebagai DCDC2, telah dikaitkan dengan masalah dalam membaca prestasi. Mereka juga melaporkan bahawa gen ini rosak muncul untuk berinteraksi dengan KIAA0319, gen disleksia kedua.[29]

Saintis Belanda dilaporkan dalam jurnal Dyslexia bahawa disleksia merupakan masalah pembelajaran yang berkemungkinan besar diwarisi yang mempunyai kerangka genetik yang rumit.  Lebih daripada sepuluh tahun yang lalu,  ahli-ahli sains telah mengenal pasti beberapa calon genetik yang boleh menyumbang kepada kecenderungan disleksia. 

Faktor keturunan juga dikatakan sebagai salah satu punca disleksia. Kajian perubatan di barat mendapati kanak-kanak penghidap disleksia mempunyai latar belakang keluarga yang ada turut mempunyai penghidap sindrom berkenaan. Kemungkinan punca ini boleh diwarisi yang membezakan adalah darjah keterukannya. Terdapat kajian yang dijalankan telah membuktikan disleksia disebabkan oleh kromosom 15.1 dan 16 yang boleh diperturunkan secara turun-temurun. Hal ini telah dibuktikan oleh Hallgren (1970) yang membuat kajian keatas 12 kes pasangan kembar monozygote dan mendapati kesemua keluarga 12 kes tersebut menghadapi masalah dalam bacaan dan ejaan semasa zaman kanak-kanak. Hallgren juga mendapati bahawa masalah disleksia banyak dihadapi oleh kanak-kanak lelaki berbanding kanak-kanak perempuan dengan kadar 3:1 atau 2:1. Menurut beliau, hal ini disebabkan oleh orang lelaki lebih banyak memikul tanggungjawab berbanding orang perempuan.

Selain daripada itu, simpton disleksia juga dihadapi oleh keluarga yang menggunakan tangan kidal. Perkara ini adalah berteraskan pendapat John Bradford (1999) dalam Kassan dan Abdullah (2010) yang menyatakan bahawa orang tua yang disleksia tidak secara automatik menurunkan gangguan ini kepada anak-anaknya atau anak kidal yang dikenalpasti disleksia tetapi menjadi antara punca masalah disleksia.[30] Berdasarkan penelitian yang dilakukan di Amerika, 80 peratus daripada seluruh subjek yang diteliti mempunyai sejarah atau latar belakang anggota keluarga yang mengalami masalah pembelajaran dan 60 peratus daripadanya adalah kidal. Hal ini turut diakui oleh seorang ahli psikologi Amerika sekitar tahun 1920-an bernama Orton yang mengemukakan perkara yang sama di mana kanak-kanak yang mengalami masalah ini cenderung untuk menggunakan tangan kidal di dalam Pumfrey P. D. dan Reason R. (1991) serta Orton S.T (1926).

Faktor neurobiologikal

Terdapat kanak-kanak yang lambat perkembangan pada bahagian tertentu dalam sistem saraf mereka. Pada kebiasaannya kanak-kanak lelaki lambat matang berbanding kanak-kanak perempuan.[perlu rujukan] Kelewatan kematangan pada kanak-kanak ini merupakan salah satu kemungkinan punca terjadinya disleksia. Faktor neorobiologikal merupakan punca yang perlu dititikberatkan dalam masalah disleksia. Kortek penglihatan otak ialah bahagian korteks serebrum yang bertanggungjawab terhadap pemprosesan penglihatan. Jadi, masalah pemprosesan visual menyebabkan seseorang sukar membaca. Hattum (1980) mengatakan bahawa kesukaran membaca disebabkan oleh sistem saraf pusat yang tidak berfungsi dengan baik (dysfunction). Di samping itu, sistem pemprosesan auditori dan visual di otak orang yang mengalami disleksia, selalunya hemisfera otak kiri lebih kecil sebanyak 27% daripada otak orang normal (Galaburda & Tallal,1991). Berasaskan kepada teori Orton, hemisfera otak kiri sepatutnya dominan dan mengawal hemisfera otak kiri, khususnya dalam aktiviti fungsi bahasa. Gangguan daripada hemisfera otak kanan semasa aktiviti bahasa menyebabkan berlaku kekeliruan dalam bahasa. Sepatutnya hemisfera otak kanan mengawal fungsi aktiviti bukan verbal (Orton, 1937). Satu daripada penyelidikan awal mengenai kesukaran membaca dan kemahiran bahasa mendapati bahawa dari segi teorinya, pembalikan huruf dan perkataan (strephosymbolia) merupakan simptom kepada kegagalan dominasi serebrum otak di kawasan kemahiran bahasa di hemisfera otak kiri. (Orton, 1937). Sungguhpun ia pernah dipercayai bahawa lebih ramai kanak-kanak lelaki mengalami dyslexia berbanding perempuan, penyelidikan di University of Michigan merumuskan bahawa dyslexia berlaku pada kadar yang hampir sama.[31] Salah satu penjelasan adalah kemungkinan kanak-kanak lelaki lebih cenderung menunjukkan tanda apabila mereka menghadapi masalah, sedangkan kanak-kanak perempuan cenderung menyembunyikannya. Ini menyebabkan lebih ramai kanak-kanak lelaki dikenal pasti dan di diagnos sebagai dyslexia, dengan itu meningkatkan statistik.

Disleksia pemerolehan: Sebilangan kecil orang yang mempunyai disleksia adalah berpunca daripada keadaan selepas mereka dilahirkan. Punca-punca yang paling biasa bagi disleksia jenis ini adalah kecederaan otak, strok atau beberapa jenis trauma yang lain.

Menurut National Health Service, kanak-kanak disleksia mengalami kesukaran membaca dan menulis atas sebab kemerosotan pemprosesan fonologi. Contohnya,  

Apabila kita mendengar perkataan "perpustakaan", kita mendengarnya secara keseluruhan. Kami tidak perlu memecahkan perkataan ke dalam fonem /per/pus/ta/ka/an/, kemudian mencantumkan fonem sekali lagi untuk memahaminya. Namun, kanak-kanak disleksia akan mengalami masalah ini.

Masalah pendengaran dalam kalangan kanak-kanak boleh berlaku sejak dilahirkan. Dalam tempoh lima tahun pertama selepas dilahirkan, seseorang kanak-kanak yang sering mengalami selsema dan jangkitan kuman pada bahagian tenggorok, boleh mempengaruhi pendengaran dan perkembangannya dari semasa ke semasa hingga boleh menyebabkan kecacatan. Keadaan ini hanya dapat dipastikan melalui pemeriksaan intensif yang terperinci daripada doktor pakar. Masalah pendengaran yang dihadapi sejak dilahirkan akan menyebabkan otak yang sedang berkembang akan sukar menghubungkan bunyi atau suara yang didengar dengan huruf atau kata yang dilihatnya. Padahal, perkembangan pendengaran berkait rapat dengan perkembangan kemampuan bahasa yang akhirnya menimbulkan masalah jangka panjang, terutama jika disleksia ini tidak ditangani dengan segera khususnya daripada doktor pakar